独り言シーズン5


by hisaom5
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前期の講義の担当分が終わって実験をやりまくった。ある面白そうな仮説があってそれが証明できたらすごく面白そうなことになりそうだったからだ。誰かにやってもらうこともできるが、まあ自分がやるのが一番早かろう。

ということで手を付けた。その他にも、昨年学生が残していった仕事の追試をやったり、無難な論文用のデータを出すための実験もやりつつ。

で、途中まではとてもうまくいっているように見えた。「こりゃ仮説どおりじゃねぇの?」と。ところがある程度データが溜まってきてから確認の実験を行なってみたら、ミスを発見。仮説は間違っている可能性が濃厚になってきた。

ふぅ。

新たに実験を始めてから1ヶ月。まあいくつか論文に示せるデータは出た。上記の追試と無難実験のデータ。

でも新機軸になると考えていた仮説はどうも違っているっぽい。そうなるとまた新たな機軸を構想しなければなるまい。昨年末のでっかい仕事が終わった後の、今後5年の構想がまだ見えてこない。
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by hisaom5 | 2013-07-27 14:55 | 研究

奈良からお客さん

先日奈良に呼ばれた時に知り合った大学院生に岡山に来ていただいた。彼がセットアップした細胞増殖の自動測定システムを私たちの研究室にも導入してもらうためだ。

市販品だと100万円を越える機器でないとできない測定を10万円足らずで行える。しかもパフォーマンスは4倍(つまり400万円だ)。だが、この自前の測定システムのセットアップは誰でもがそうできるものではない。世界でも何人かしかできないだろう。

その大学院生は、まさに私が尊敬する「ギーク」という感じの人で、謙虚な人柄もとても好感が持てた。そんな技術を研究室内でじっくりと醸成している研究室、そういう大学院生が生息している研究室はかっけー。

彼に岡山に来てもらった理由はシステムを作ってもらうということが第一義であったが、その学生さんに自分の作ったシステムの凄さを認めてくれる人がいることを見て欲しかった、そしてその技術のおかげで岡山に来てうまいビールが飲めることも。

で、ビールを飲みながら話をしてみて、研究の指向・生物の捉え方が私の指向とピッタリだった。最近なかなかこういう人に会えていない。「生物を機械のように捉える」・・・そんなアホなと考える生物学者は大半だろう。私もちょっと自信を失いかけていた。でもそういう視点で生物を捉えたら面白いと考えて、機械のように自在に生物を操作したいんだ、という強い信念を持つ若い研究者に久しぶりに会って、エネルギーを貰った。

そう。これがここしばらくの私の戦略。

私がやりたい生物学にシンパシーを感じる若きギークたちにできるだけ会って、彼らを鼓舞しつつ自分もエネルギーを貰う。

正直、研究室経営でずっと頭を悩ませいている今の私には、本当にやりたいことを盲信しうるだけの余裕が無い。強いフィードバックが必要だ。そういうフィードバックをもたらしてくれる人はそう多くない。それを探し出し、会う。

一緒に飲みに行ったうちの大学院生にも多分刺激になったと思う。奈良に招待してくださり、研究室の大学院生と話す機会を与えてくださったM先生にはとても感謝する(研究室の大学院生を快く岡山に送り出してくださったことにも)。そして、私自身も「ちょっといい仕事したんちゃうの」と思える招待であった。

来週も私たちの研究室の未来を決めるかもしれない仕事がある。どんなパフォーマンスができるか。
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by hisaom5 | 2013-07-27 14:46 | 日記

実験に暗雲

論文がアクセプトになりホッとしたのもつかの間、今日出た実験結果を見て唖然とする。仮説どおりにいっているとニンマリしていたのが全て覆るかもしれない。色々計画した実験が白紙に戻る可能性が大きい。

学生時代からいつもいつも経験していたぬか喜び。やっぱ実験はつれえなぁ。・・・まあ実験に限らないけどね。

戦略の立て直しだ。
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by hisaom5 | 2013-07-22 19:19 | 日記

飲み アクセプト

昨日はこちらでのシンポジウムで講演をしにきた、以前の研究室で一緒に研究をしていたKくん(当時博士課程の学生、現在ポスドク)と飲んだ。あんまり酒に強い方ではない彼だったが、結構行けるようになっていた。

お目当ての地ビールはまたしても予約いっぱいだったが、近所の居酒屋Nに午後6時前に入り、例によって私はガブガブとビールを飲みながら、色々と話しをした。・・・というか私が1人で話していたかも。

よく付き合ってくれたなぁ。でもいい「聞き役」だった。本質的なことをいう(悪態をつく)私のことをよくわかってくれているので、私も調子に乗って最近思っていることをい〜っぱい吐いた。そんなに飲める方ではない彼だったので、そろそろ終わろうかなと思いながらトイレに行って何気なくメールをチェックしたら、苦労していた論文のアクセプトの連絡が。そろそろ来るだろうとは思っていたがやっぱり嬉しい。

Kくんもよく知る最近博士課程を修了したCさんの論文だ。

これはお祝いだということで更に飲みを深め、また色々と話した。10時過ぎだったか、そろそろ上がろうかと思っていたら、こちらに来られている先輩Tさんから電話が。今日は予定があるから飲めないという話だったのだが、ちょうど駅前にKくんを送っていく予定でもあったしちょうどいい。「飲みませんか」ということで歩いて駅までK君と話をしながら行き、Tさんと落ち合って更に12時過ぎまで飲んだ。

こちらでは私は後輩になりきって、でも失礼な後輩。なんか色々失礼なことを言ったような気もする。

やっぱ6時間くらい飲んだら飲んだ気がするわ〜。今回は完全に「話し役」だった。本当いっぱい話させてもらった。なんかまた「頑張るぞ」という気になった。
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by hisaom5 | 2013-07-20 22:08 | 日記
ここ最近、めちゃめちゃ実験している。ポスドクの頃なみに。授業や書きものをしなくても良い状況が生まれているからだが、本当に久しぶりだ。

実験というものに対する喜びやら何やら色々感じている。それと同時にPIである私がこんなに実験してていいのだろうかと思ったりもする。来週からは出張も入るのでこの流れが間違いなく絶たれるのだが、色々計画している実験、どこまで突っ込めるだろうか。

最近はテクニシャンや学生さんに指示を出して、その実験結果を解釈してディスカッションして、また指示を出すということの繰り返しだった。

テクニシャンのMさんの技術は高く、私がやったらうまくいかないかもと思う実験もある。それでもその他たくさんの実験に対する経験・技能は私が一番もっている。この力を使わないのはやはりもったいない。PIになると実験をしなくなる人も多いが(実際他のことで忙しくて実験ができない)、それはかなりもったいないことだと思う。

そしてどんな些細な事でも実験してみないとわからないということがある。現場で自分で実験してみて初めて「ああそういうことだったのか」と気づくことも多い。それが案外簡単な、一生懸命考えればわかったかもしれない人為的なことだったりもする。でもありえる可能性をすべて想定し尽くせるほど人間の(私の?)頭は優れていない。それが実験を一回するだけでクリアになることが多々ある。

「ああそういうことだったのか。」という結果が出た場合には、自分の知恵の足らなさを悔やんだりもする。一方で、それは実験のあらゆる場面で起きるので、やはりグダグダ考えるよりも「まずはやって見ること」が重要だと思う。

そして多分人間というものには実験している最中にしか働かない直感のようなものがあるのだと思う。対象に対して著しく集中しているからこそ起きる「ひらめき」。これを何度体験したことか。これも実験をしなければならない理由だと思う。

そんなこんなでバリバリ実験したおかげで、いくつかの点に関しては答えが出た。仮説どおりに行ってそうなワクワクする結果も出た。その結果をみて次の実験を考え、仕込みも始めた。さあどこまでいけるか!?
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by hisaom5 | 2013-07-18 12:29 | 日記
私はオリジナリティに対する強いこだわりがあるように思う。

私がポスドク時代のテーマをそのまま引き続いてやらなかったのは、そのテーマがボスのテーマであったという思いが強いから。最近ずっとやっている仕事は独立してから始めたものではないが、半分独立したような状況で1から自分で作り上げたテーマ・実験系であるという自負があるからである。

1から作り上げて自信を持ってやれるようになるには数年かかった。それまでは「これでいいのか」と迷うことが多かった。だいぶ信じて良い証拠が積み重なってきた今でも、時折「これで大丈夫か」と自問自答する。

けれどもオリジナリティの高さだけは間違いない。誰もやっていないし、誰かが始めてもこのレベルまですぐに追いつかれることは無いだろう。

そんなオリジナリティへのこだわりがいつ生まれたのだろうか?

さっき実験しながら思い出したのは自分が大学院生の頃。ある酵素遺伝子を初めて見つけた。その酵素の活性を確かめる実験、やって活性は出たが、同じファミリーの別の酵素ではすでにその活性が証明されていた。そのとき「これはたいした実験結果ではない」と思った。

本当に知りたいのはその酵素遺伝子の細胞内での機能で、それはファミリーの酵素によって違うことが予測されたからだ。

今思えば上記の実験結果だって、酵素活性があることを示したものなのだから意味があるといえばある。でも自分にはその価値がわからなかった(だからそのデータはお蔵入りした)。そんな感じでずっとやってきた。

「どっかで聞いたような話」は価値がないと思っていた。

ポスドク時代はその研究室のテーマの最も大きな「?(はてな)」を解くために全力で頑張って、それなりの答えを見つけることにも成功した。だが、そのテーマは研究室のテーマ。私の作りだしたテーマではない。今思えば、その研究室のテーマをしっかりと展開することに成功したのだから、私がそれを引き継いでも良かったのかもしれない。だが、面白い実験結果が出ているその最中もまったくそんな気はなかった。

やはり、これは大学院時代の「ほったらかし・テーマは自分で探してこい」という状況に根付いているのかもしれない。ただ、大学院時代の研究室のメンバーがみんなテーマを自分で見つけてきていたわけではないので(大半は研究室にあるテーマを引き継いでいた)、やはり私自身の内なる動機なのかもしれない。

いずれにせよ、「オリジナリティの高いテーマは境界領域にあるはず」という思いから門戸を叩いた以前の研究グループで、思った通り「揺るぎないオリジナリティ」のテーマを見つけ新しい実験系を作ることができた。

いま数えてみたらもうすぐ10年!「そんなにやってんの?!」って感じ。

だけどこの実験系を使って新たな展開も見えてきたので、もう少しは続けようと思う。それと同時に、さらなる「展開」も考えて行かないとなぁ。
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by hisaom5 | 2013-07-17 17:24 | 雑記
私は、プラスミドと呼ばれる環状の小さなDNAを構築し、それを酵母細胞に入れ酵母がどうなるかを観察することを、ずっと繰り返してきた。

観察の仕方はいろいろだ。酵母の増殖速度をみたり、酵母の形態がどう変わるかを顕微鏡で見たり、酵母の中で働いているタンパク質の量や性質がどう変わるかを見たり、酵母の中で働いているタンパク質の存在場所がどう変わるかを見てみたり。

でも結局は、「プラスミドを構築し、酵母に入れ、酵母を観察する」というサイクルには変わりがない。

プラスミドを構築するときには「設計図」を作る。自分達の仮説を証明できるように、様々な「部品(DNAの配列)」を組み合わせたり変異を入れたプラスミドを設計し、そのとおりに作る。

プラスミドの作成の過程にはプラモデルを作っているような楽しみがある。昔は何段階もかけて目的のプラスミドを構築していたが、今はどんなプラスミドでもほぼ一発で構築できる技術が存在する。

それを酵母に入れる。2日後、うまく行けば寒天培地の上に酵母が生えてきてコロニー(細胞の集団)を形成する。

研究室に来たらカバンを背負ったまま培養器を開けてコロニーが出ているかを観察する。一刻も早く自分の実験が成功したかを知りたいからだ。コロニーが生えているかをもっと早く知りたいときには、実体顕微鏡で拡大してコロニーを見てやる。これなら1日目にうまくいっているかがだいたい分かる。

これは植物の種をまいて双葉が生えてくるのを観察するような喜びなのかもしれない。細胞が増える・コロニーが生えるという現象は、人にとって見ているだけで楽しいことなのかもしれない。

2日たってもコロニーが生えてきていなさそうなら、実験が失敗している可能性がある。すかさずもういちど酵母にプラスミドを入れる実験を繰り返す。でも生えていない培地は捨てない。実験台の上に放置する。すると何日かたってからコロニーが出てきたりして、それが新たな発見につながることもある。

コロニーが生えてきたらじっくりと見る。大きさは均一か、いびつな形をしていないか。これらが重要な情報を持っていることもある。

生えてきたコロニーを拾い上げる。ねっとりとした酵母細胞のかたまりを次の培地に移す。自分が作り上げた作品(プラスミド)を細胞内に持つ酵母、自分の仮説を証明してくれるかもしれない酵母。なんだか愛おしい。

そして酵母をいろいろな方法で観察し、その結果をもとに、また次のプラスミドを設計する。

たいていの場合、思ったような結果は出ない。自然はそんなに甘くない。簡単に真実を見せてはくれない。だからいろんな仮説を作っていろんな可能性を考えて、たくさんのプラスミドを作って酵母に入れる。

思ったような結果が出ないとしょんぼりするが、あらたに仮説を考えそれがうまく証明された時のことを考えると、全身が湧き立つようなワクワク感がある。だからとにかく実験を繰り返す。

プラスミドを設計し、構築し、酵母に入れ、酵母のコロニーが生えてくるのをまつ。私はこれをずっとずっと繰り返してきた。
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by hisaom5 | 2013-07-15 19:20 | 研究
私は、根本的には非常にネガティブなマインドを持っていると思っている。ここでのネガティブマインドとは、うつとした気持ちのことではなくて、いわば「あら探し」のことを言う。いいように言えば「クリティシズム」だが、悪いように言えば悪いところばっかり見てる。文句ばっかり思ってる。

ただ実はこの方法で仲良くなれた人も結構いる。なぜなら悪いところを見つけようと思えばその人をじっくり観察しなければならない。例えば何かを上手いことやっているようにみえる人がいた場合、この人の「いいように見える所」は、どんなダークな背景から生まれてきているのかと邪推するのだ。

嫌なやつだ。でもそのダークな邪推は多くの場合当たっていて、それをその人との飲み会の会話の中で徐々に出していく。徐々に引き出していく。あるいは、思い切って言ってみる。すると「この人分かっている」と思ってくれることが多い。中には怒りだした人もいたけど(それはつまり、ズバリと当たっていたからなんだけど)。

中にはそのダークな背景がまったく見えてこない人がいて困る場合がある。そういう本当に「完全無欠」な人とは友達になれない。ただただ、「すみません」としか思えない。

そして、そのネガティブマインドの攻撃の対象にいつもなっているのは、自分自身だ。「お前そこ悪いよな」、「いま手を抜いたよな」、「その一見みんなのための行動のウラには、こういう打算があるよな」、と常に自分にツッコミを入れている気がする。ただ、ネガティブマインドであること自身に対してはそんなに嫌いではない。

そして例えば私のことをよく知らないのに、褒めてくれるような人がいたら、徹底的に問い詰めたくなる。「その褒めている部分のウラはこうだ、それもわかった上で褒めているのか」、と。それがもしわかっていたら友達になりたい。

飲み会などで、私のダークな部分も含めて褒めて・攻めてきた人は今までいない。グループでの飲み会で、グループ内の他の人がそれをやっている場面にも出くわしたことがない。ん?これってまさか私の得意技なのか?

実は最近、私の研究活動やらネット上の活動やらを見て、なんか私のことをいい方に勘違いしている人がいるみたいなのだが、それは困る。私という人間のダークサイドをちゃんと知った上で言って欲しい。まあダークサイドは飲み会でしか出てこないものなので、飲んでじっくり話をしないといけないのだけれど。
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by hisaom5 | 2013-07-14 19:06 | 日記
ようやくリバイスを投稿した。投稿した直後にえらいミスがあることに気づいて訂正させてくれるよう申し出たけど・・・ふぅ。いずれにせよスカッとした気分。結局これが一番引っかかってたってことなのかな。

レビューアのコメントに全部答えられたわけじゃないけど、1つ実験結果を加えたし誠意を持って対応したので、これでリジェクトってことはないような気がする。「もう一個くらい実験やれ」って再リバイスをかけられる可能性はあるけど、まあそうなれば対応すれば良いし、・・・でも多分このジャーナルならばこんなもんでいける気がする。通ればもっとスッキリ出来るのに。

投稿中のもう一報は、一ヶ月半位たつのにまだ音沙汰がない。たしかに少々査読が難しい内容かもしれないが、でもそういう意味では、やっぱり上の論文を投稿したジャーナルの手早さは称賛に値する。

今日はその投稿のほかは一日実験。久しぶりにちゃんと実験し始めたが、自分でいうのも何だがうちのラボはやっぱ実験しやすい。ラボのメンバーがみんな統一されたスキームで実験しているから、私のように自分のベンチを持っていない人間がメンバーのベンチを借りて実験をしても不自由を感じない。

テクニシャンのMさんがリソースをきちんと整理してくださっているので、欲しいものがすぐに手に入る。新しく来たテクニシャンのSさんも、Mさんの指導のもとすでに研究室の主要な実験がすべてできるようになったので、安心して任せられる。

朝から晩まで情熱を持って実験をしまくっている博士課程のKさんは、実験に対するエネルギーをくれる。

今日は外が死ぬほど暑い中、それなりに涼しい実験室で実験をやれる喜びを噛み締めながら実験していた。というのも「ちょっとええ感じ」の実験結果が見えてきたからだ。やっぱり自分の予想通りの実験結果がでるっていうのは気持ちがいい。次にやろうとしている実験の結果を想像してワクワクする。

そうなると次から次へと実験したいのだが、・・・酵母はすぐには生えてくれないのだ。
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by hisaom5 | 2013-07-12 19:50 | 日記
午前中は共同研究しているラボから来ている学生さん達とディスカッション。オモシロイと思っていいのかどうかよくわからないデータであるが、でもなんか出てる。彼女も徐々に自分を出し始めていて、こだわりがあることがよく分かる。良いデータを出すためには必要な素養だ。話しているうちに思いついた新しい実験も1つ始めることにした。新しい実験をやることに対してポジティブな彼女たちの姿勢にはいつも感心する。

午後からは初心者の学生に実験を教える。と言うか一緒にやる。ちょっといきなり詰め込み過ぎたか、明らかに途中から彼の脳がフリーズしていたので、そこで終了。これに懲りなきゃいいが。

夕方からは講義。大学院生を相手の英語論文の読解。全4回でScienceに掲載された論文を読み込むのだが読み込み自体は3回目で終了。最終回の今日は、その論文のプレスリリースの動画を見せその内容をみんなでディクテーションし、続けてひとりひとりシャドウイングをした。

講義が終わった後に、ある学生が「この講義しんどかった〜」とつぶやいたので、何がしんどかったのか聞いてみたら、英語を発声するのがしんどかったらしい。普段やらないから。まぁしんどいっていうのは自分の為になっているってことだろう。

この講義はまだ続いていて、メンバーを入れ替えて別の論文をまた全4回で読む。今度は学生2人。更にタフな論文。どう料理するか楽しみだ。
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by hisaom5 | 2013-07-11 19:31 | 日記